Охрана природных комплексов — основная и наиболее важная часть деятельности особо охраняемых природных территорий. Задачи отдела охраны территории ФГУ НП «Хвалынский» многогранны и требуют от инспекторов разнообразных знаний, навыков и специальной подготовки. В их обязанности входит: сохранение уникальных и типичных природных комплексов, борьба с браконьерством, тушение пожаров, проверка соблюдения режима охраны и санитарного состояния используемых участков территории, сбор платы за посещение парка, контроль за соблюдением правил пожарной безопасности.
Управление природными комплексами национального парка осуществляется на основе функционального зонирования территории в соответствии с установленным режимом охраны каждого участка. На территории Национального парка с учетом местных природных, историко-культурных и социальных особенностей выделены следующие функциональные зоны: Заповедная зона (1359 га), Рекреационная (3551 га), Хозяйственная зона (20604 га). В состав природных комплексов парка входят леса, луга, геологические объекты, животный мир, создающие не только природные ландшафты, но и эстетические ценности.
Обязанность по сохранению уникальных природных комплексов Национального парка «Хвалынский» возложена на отдел охраны территории, состоящей из штатных государственных инспекторов. При дирекции парка и в каждом лесничестве созданы оперативные группы. На удаленных обходах охрану несут государственные инспекторы, осуществляя ежедневное патрулирование. Инспектор — главное официальное лицо на территории парка и выполнять его рекомендации и требования обязаны все посетители. Каждый инспектор имеет закрепленные участки — обходы, в пожароопасные периоды организуется дежурство на въезде в парк и патрулирование по установленным маршрутам.
Для оперативного выявления нарушений лесного и природоохранного законодательства организовано 3 оперативно-патрульных групп из 12 человек, которые обеспечены средствами передвижения и спецсредствами. Численность государственной инспекции по охране природы национального парка составляет 42 чел. К сожалению, посетителями территории парка допускаются все больше нарушений его режима. Каждый год государственными инспекторами по охране территории национального парка выявляется около 80 нарушений природоохранного законодательства. Основные из них нарушение правил пожарной безопасности, незаконная стоянка и движение автотранспорта, самовольная порубка, незаконное рыболовство в охранной зоне, загрязнение лесного фонда. На всех нарушителей природоохранного законодательства налагаются административные штрафы в размере от 1000 до 2000 рублей, а также предъявляются иски на возмещение ущерба причиненного природным комплексам.
Управление природными комплексами национального парка осуществляется на основе функционального зонирования территории в соответствии с установленным режимом охраны каждого участка. В состав природных комплексов парка входят леса, луга, воды, геологические объекты, животный мир, создающие не только природные ландшафты, но и эстетические ценности.
В целях охраны и защиты особо ценных природных комплексов национального парка «Хвалынский» от неблагоприятных антропогенных воздействий, создана особо охраняемая территория регионального значения — охранная зона НП «Хвалынский» (постановление Правительства Саратовской Области от 23 апреля 2004 г. №96-П «Об образовании охранной зоны НП «Хвалынский»», распоряжением Правительства Саратовской области от 1 марта 2005 г. №59-Пр «О включении земельных участков в состав охранной зоны НП «Хвалынский»»), с регулируемым режимом хозяйственной деятельности. Общая площадь охранной зоны национального парка составляет 114924 га. На территории охранной зоны устанавливается режим использования земельных участков без изменения их целевого назначения сложившегося на момент включения в состав охранной зоны.
На инспекторскую службу парка возложены также задачи профилактики и тушения лесных пожаров. На территории лесного фонда устанавливаются аншлаги противопожарного (предупредительного) содержания, оборудуются места стоянки транспортных средств и места отдыха, устраиваются противопожарные разрывы, ведется разъяснительная работа с посетителями парка и местным населением, агитация через СМИ. В арсенале пожарной службы парка ПХС второго типа, пункты противопожарного инвентаря в каждом лесничестве.
Территория национального парка «Хвалынский» относится к районам наземной охраны лесов от пожаров. Средний класс пожарной опасности для лесов национального парка составил 2,8. Лесопокрытая площадь парка 90%. 25% покрытой лесом площади представлена хвойными насаждениями. Эти лесные массивы чрезвычайно опасны в пожарном отношении. Поэтому одной из актуальных задач работников парка является профилактика лесных пожаров и четкая организация их тушения в случае их возникновения.
Во время подготовки к пожароопасному периоду, каждый год в марте месяце принимается постановление главы Администрации Хвалынского района «О мерах по усилению охраны лесов района от пожаров». Этим постановлением были утверждены оперативные планы по тушению лесных пожаров. Разработаны и согласованы инструкции, а также заключается договор с ГУ «10 отряд Государственной противопожарной службы МЧС России по Саратовской области» по тушению лесных пожаров на участках лесного фонда. Проездные дороги в лес с начала пожароопасного периода перекрываются шлагбаумами, установлены ограничительные и предупреждающие знаки. Среди населения проводится противопожарная агитация, через местную газету, а также установкой информационных аншлагов по противопожарной тематике. Ежедневно, в течение всего светового дня, государственными инспекторами проводятся патрульные рейды с целью своевременного выявления нарушений правил пожарной безопасности и выявлению очагов пожаров. Устраиваются новые минерализованные полосы, противопожарные дороги и проводится уход за уже созданными.
| 
